パーティションは作成できてもフォーマットが出来ないのはソフト的な問題ではなくkoh さんが書きました: 完全なlow level formatが出来れば解消するのかも知れませんが日立とかMAXTORのツールを使っても
IDE-SATA変換入れているせいかHDDを認識してくれず頓挫してます。
素性の知れないIDE-SATA変換に原因があるのではないでしょうか。
FAT16ならいざしらず、EXT2/3/4では2GB越えるパーティションについて問題なくフォーマットできるものです。
Puppy Linuxでは、0.8から1.2まで幾つかのバージョンのGpartedで使用されていますが、
少なくとも当方の環境では最も非力なCASIO MPC-216XL(ATA-80GB搭載)で正常にフォーマットできます。